Cải cách ưu đãi thuế trong khoa học và công nghệ: từ miễn giảm đơn thuần đến đòn bẩy đổi mới sáng tạo
Câu hỏi tại sao một số quốc gia nhỏ như Ireland hay Singapore có thể thu hút những tập đoàn công nghệ hàng đầu thế giới đặt trung tâm nghiên cứu và phát triển trong khi nhiều nước khác có chi phí lao động thấp hơn, thị trường lớn hơn lại không làm được điều tương tự, phần lớn có câu trả lời trong cách thiết kế chính sách thuế cho nghiên cứu và phát triển. Đây không chỉ là bài toán hấp dẫn đầu tư nước ngoài, mà còn là câu hỏi cốt lõi về cách một nền kinh tế có thể nuôi dưỡng năng lực đổi mới nội sinh từ chính các doanh nghiệp trong nước.
Việt Nam đang tiếp cận câu hỏi này với tư duy khác so với trước đây. Luật Công nghệ cao 2025 và Luật Thuế TNDN 2025 đã thiết lập một hệ thống ưu đãi toàn diện hơn cho lĩnh vực khoa học công nghệ, với các cơ chế mang tính đặc thù vượt ra ngoài khuôn khổ pháp luật thuế trước đây. Cụ thể, các doanh nghiệp công nghệ cao, công nghệ số và đổi mới sáng tạo được áp dụng mức thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo đối với các dự án đầu tư mới. Đặc biệt, Luật Công nghệ cao 2025 mở ra cơ chế siêu khấu trừ chi phí nghiên cứu và phát triển (R&D) ở mức 200%, nghĩa là mỗi đồng chi cho nghiên cứu phát triển, doanh nghiệp được tính tới 2 đồng vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế.
Đây là bước tiến đáng kể. Song, nhìn vào kinh nghiệm của các quốc gia đã đi trước trong việc thiết kế ưu đãi thuế R&D, có thể thấy hiệu quả thực sự của những chính sách này không đơn giản là một hàm số của mức độ hào phóng, mà phụ thuộc rất nhiều vào cách thiết kế, phạm vi áp dụng và cơ chế kiểm soát đi kèm.
Nhìn ra thế giới, ưu đãi thuế cho R&D đã trở thành công cụ phổ biến bậc nhất trong chính sách đổi mới sáng tạo toàn cầu. Trong năm 2024, 34 trong số 38 quốc gia thành viên OECD cung cấp ưu đãi thuế cho chi tiêu R&D và gần 55% tổng hỗ trợ của chính phủ cho R&D khu vực doanh nghiệp ở các nước OECD đến từ công cụ thuế thay vì tài trợ trực tiếp. Xu hướng này phản ánh một nhận thức chính sách quan trọng: thay vì chính phủ quyết định dự án nào đáng được tài trợ, ưu đãi thuế trao quyết định đó cho doanh nghiệp và để thị trường phân bổ nguồn lực theo tín hiệu nhu cầu thực tế.
Tuy vậy, bằng chứng thực nghiệm về hiệu quả của ưu đãi thuế R&D có nhiều sắc thái hơn so với những gì các nhà vận động chính sách thường trình bày. Nghiên cứu phân tích dữ liệu cấp doanh nghiệp tại 20 nước OECD cho thấy ưu đãi thuế R&D nhìn chung có tác động đáng kể đến đầu tư R&D của doanh nghiệp, với mỗi đơn vị hỗ trợ thuế tương ứng với khoảng 1,4 đơn vị đầu tư R&D. Tuy nhiên, hiệu quả khác nhau rõ rệt giữa các doanh nghiệp có quy mô khác nhau và giữa các quốc gia. Đặc biệt, ưu đãi thuế tỏ ra phù hợp hơn để hỗ trợ các dự án R&D gần với ứng dụng thị trường, trong khi nghiên cứu cơ bản và dài hạn thường cần đến tài trợ trực tiếp hơn. Đây là điểm phân biệt quan trọng cho việc thiết kế chính sách.
Hàn Quốc là một điển hình thường được nghiên cứu trong khu vực. Quốc gia này cung cấp tín dụng thuế R&D rộng rãi từ 2% đến 25% chi tiêu R&D đủ điều kiện, tùy thuộc vào quy mô doanh nghiệp và cường độ R&D. Đặc biệt, Hàn Quốc còn có tín dụng thuế riêng cho đầu tư R&D vào các công nghệ chiến lược quốc gia như bán dẫn và công nghệ sinh học. Điểm đáng học hỏi ở Hàn Quốc không chỉ là mức ưu đãi mà còn là cơ chế phân tầng rõ ràng: ưu đãi cao hơn cho công nghệ chiến lược được ưu tiên quốc gia, ưu đãi khác biệt cho doanh nghiệp nhỏ so với tập đoàn lớn, và yêu cầu tài liệu minh bạch để chứng minh tính hợp lệ.
Một xu hướng quan trọng khác trong ưu đãi thuế R&D quốc tế là sự phát triển của Patent Box (hộp bằng sáng chế). Ireland là trường hợp thú vị về cách thiết kế ưu đãi từ góc độ thu hút FDI. Ngoài mức thuế doanh nghiệp thấp nổi tiếng, Ireland cung cấp tín dụng thuế R&D 25% và cơ chế Patent Box cho phép thu nhập từ sáng chế chịu mức thuế thực tế thấp hơn nhiều so với thu nhập thông thường. Tín dụng thuế R&D của Ireland cho phép các công ty lựa chọn trả một phần tín dụng thuế trực tiếp cho nhân viên tham gia R&D thay vì chỉ bù trừ vào nghĩa vụ thuế của công ty, một cách tiếp cận sáng tạo vừa khuyến khích doanh nghiệp vừa tạo động lực cho nhân lực nghiên cứu. Đây là ví dụ về cách ưu đãi thuế có thể được thiết kế để tác động theo nhiều chiều cùng lúc, không chỉ giảm chi phí cho doanh nghiệp mà còn gián tiếp thu hút và giữ chân nhân tài.
Singapore tiếp cận theo hướng đơn giản hơn nhưng cũng hiệu quả không kém. Thay vì xây dựng hệ thống ưu đãi phức tạp, Singapore tập trung vào một hệ thống thuế tổng thể đơn giản, minh bạch và có thể dự đoán được, kết hợp với ưu đãi R&D được xác định rõ ràng về phạm vi và điều kiện áp dụng. Bài học Singapore cho thấy sự đơn giản và minh bạch của chính sách đôi khi quan trọng hơn mức độ hào phóng của ưu đãi, bởi doanh nghiệp cần có thể lập kế hoạch đầu tư dài hạn dựa trên những cam kết chính sách ổn định và dễ hiểu.
Trong năm 2023, cơ chế ưu đãi dựa trên thu nhập từ đổi mới sáng tạo đã có mặt tại 21 quốc gia OECD và 6 nền kinh tế lớn khác. Những cơ chế này giảm gánh nặng thuế trên thu nhập từ tài sản trí tuệ xuống mức thuế thực tế trung bình chỉ còn khoảng 6,2% so với mức 19,4% nếu không có ưu đãi. Ý tưởng đằng sau Patent Box là tạo ra động cơ để doanh nghiệp không chỉ thực hiện R&D mà còn giữ quyền sở hữu trí tuệ và thương mại hóa kết quả trong nước, thay vì chỉ thực hiện nghiên cứu rồi chuyển giao bằng sáng chế ra nước ngoài. Đây là công cụ mà Việt Nam chưa phát triển đầy đủ và đáng được tiếp tục nghiên cứu.
Trở lại với các thách thức thực tiễn của Việt Nam, có một số câu hỏi đáng tiếp tục thảo luận. Thứ nhất là về sự cân bằng giữa hai công cụ chính: siêu khấu trừ và tín dụng thuế. Siêu khấu trừ chi phí R&D hoạt động bằng cách trừ thêm phần chi phí vào thu nhập chịu thuế, trong khi tín dụng thuế khấu trừ trực tiếp từ số thuế phải nộp. Sự khác biệt quan trọng là tín dụng thuế có giá trị như nhau bất kể mức thuế suất của doanh nghiệp, trong khi siêu khấu trừ mang lại lợi ích lớn hơn cho doanh nghiệp đang ở bậc thuế suất cao hơn. Đối với các công ty khởi nghiệp công nghệ đang trong giai đoạn lỗ và chưa phát sinh nghĩa vụ thuế, siêu khấu trừ có thể không mang lại nhiều giá trị thực tế trong ngắn hạn; trong những trường hợp này, tín dụng thuế hoàn lại hoặc cơ chế chuyển lỗ dài hạn có thể phù hợp hơn. Một số doanh nghiệp công nghệ Việt Nam đã đề xuất kéo dài thời gian chuyển lỗ lên 10 năm và áp dụng siêu khấu trừ 150 đến 200% cho các chi phí đám mây, dữ liệu và cơ sở hạ tầng AI để tối ưu lợi ích cho dự án nghiên cứu dài hơi.
Thứ hai là câu hỏi về định nghĩa chi phí R&D hợp lệ. Kinh nghiệm quốc tế cho thấy đây thường là điểm tranh cãi nhiều nhất giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế. Các chuyên gia lưu ý rằng nếu Việt Nam áp dụng siêu khấu trừ 200%, điều then chốt là phải kèm theo tiêu chí đo lường kết quả và cơ chế kiểm soát rõ ràng. Nếu không, ranh giới giữa chi phí R&D thực sự và chi phí vận hành được đặt nhãn R&D để hưởng ưu đãi sẽ rất mong manh. Việc xây dựng hướng dẫn chi tiết về những loại chi phí nào được coi là R&D hợp lệ, kết hợp với cơ chế xác nhận trước với cơ quan thuế, có thể giảm đáng kể rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp và giảm gánh nặng giải quyết tranh chấp sau này.
Thứ ba là tác động của thuế tối thiểu toàn cầu lên hiệu quả của ưu đãi. Khi thuế tối thiểu 15% được áp dụng cho các tập đoàn đa quốc gia lớn, nhiều hình thức ưu đãi thuế truyền thống như miễn thuế nhiều năm có thể mất tác dụng vì phần ưu đãi sẽ bị thu hồi bởi nước mẹ của tập đoàn. Chính vì vậy, nhiều quốc gia đang xem xét lại thiết kế ưu đãi R&D của mình để đảm bảo chúng vẫn có giá trị trong bối cảnh hiện nay Cách tiếp cận được OECD khuyến nghị là thiết kế ưu đãi dưới dạng tín dụng thuế hoàn lại có điều kiện, loại được công nhận là tín dụng thuế hoàn lại đủ điều kiện và ít bị ảnh hưởng bởi quy tắc thuế bổ sung toàn cầu hơn. Đây là một chiều kích kỹ thuật mới nhưng rất quan trọng mà Việt Nam cần tích hợp vào quá trình hoàn thiện chính sách ưu đãi R&D trong thời gian tới.
Thứ tư là câu hỏi về đo lường và đánh giá hiệu quả. OECD nhấn mạnh rằng việc theo dõi và đánh giá hiệu quả là nền tảng để học hỏi chính sách, ưu tiên hóa và cải tiến theo thời gian; đây là yếu tố thiết yếu để chứng minh tính minh bạch, trách nhiệm giải trình và giá trị tiền bạc trong chi tiêu công. Việt Nam cần xây dựng hệ thống theo dõi không chỉ là số lượng doanh nghiệp hưởng ưu đãi hay tổng chi tiêu thuế bị giảm, mà còn bao gồm các chỉ số đầu ra như số bằng sáng chế được đăng ký, tỷ lệ doanh thu từ sản phẩm mới, mức độ chi tiêu R&D thực tế của doanh nghiệp. Nếu không có hệ thống đo lường này, sẽ rất khó để biết liệu các ưu đãi hào phóng đang thực sự kích thích đổi mới hay chỉ đang cung cấp một khoản trợ cấp cho những hoạt động mà doanh nghiệp đã làm từ trước.
Chi cho khoa học và công nghệ từ ngân sách nhà nước trong giai đoạn 2021 đến 2024 còn khiêm tốn, dao động quanh mức 1,37 đến 1,97% và ước đạt 2% năm 2025, trong bối cảnh sự thiếu thống nhất trong các văn bản pháp luật đang gây khó khăn cho việc bố trí, phân bổ và thanh quyết toán các dự án. Đây là thực tế xuất phát điểm quan trọng. Hệ thống ưu đãi thuế mới chỉ phát huy tác dụng khi được đặt trong một hệ sinh thái đổi mới sáng tạo đồng bộ hơn, bao gồm năng lực nhân lực khoa học, hạ tầng nghiên cứu và cơ chế kết nối giữa doanh nghiệp, trường đại học và viện nghiên cứu.
Sự cải cách mạnh mẽ trong ưu đãi thuế cho R&D mà Việt Nam đang triển khai là tín hiệu đáng khích lệ về định hướng chính sách. Điểm khác biệt giữa những quốc gia thành công và không thành công trong việc xây dựng nền kinh tế tri thức thường không nằm ở việc họ có ưu đãi thuế hay không, mà ở chỗ những ưu đãi đó được thiết kế tinh tế đến đâu, minh bạch đến đâu, và được hỗ trợ bởi một hệ sinh thái thể chế đủ mạnh hay không. Đó là hành trình lâu dài và khó khăn hơn nhiều so với việc ban hành một điều luật có nhiều ưu đãi, nhưng cũng là hành trình duy nhất dẫn đến kết quả bền vững.